Szymon Hołownia nigdy nie krył się ze swoimi religijnymi przekonaniami. W przeszłości był nawet w seminarium duchownym. Jednak w swoich późniejszych publikacjach często opisywał niemoralne zachowania księży. Marszałek Sejmu wciąż jest praktykującym katolikiem, chociaż jako polityk opowiada się za rozdziałem Kościoła od państwa. Ostatnio został zauważony przez fotoreporterów, gdy wybrał się z córką na mszę. Głos w tej sprawie zabrał jeden z duchownych.
Szymon Hołownia wybrał się z córką do Kościoła Środowisk Twórczych na Placu Teatralnym w Warszawie. 7 stycznia uczestniczył tam w niedzielnej mszy. Obecność Szymona Hołowni mogła być dla niektórych kontrowersyjna, ponieważ marszałek Sejmu sprzeciwia się chociażby kwestii finansowania Kościoła z publicznych środków i domaga się likwidacji Funduszu Kościelnego. Na temat wizyty polityka na mszy wypowiedział się ksiądz Grzegorz Michalczyk.
"Do naszego kościoła rektorskiego, Kościoła Środowisk Twórczych na Placu Teatralnym, przychodzą różne osoby, nie tylko twórcy, artyści, wśród nich także politycy z różnych opcji. Nie mam w zwyczaju mówić o personaliach odwiedzających nas osób. Do świątyni przyjeżdżają osoby z wielu różnych stron. Jesteśmy otwarci na wszystkich. Serdecznie zapraszam do odwiedzenia naszego kościoła" - powiedział w rozmowie z "Faktem" ksiądz Grzegorz Michalczyk.
W trakcie trwania ostatniej kampanii wyborczej Szymon Hołownia wielokrotnie poruszał temat rozdziału Kościoła od państwa. Odniósł się też do kwestii lekcji religii w szkołach. - Dzisiaj nie wiadomo, czy minister to minister, czy ministrant. W sferze symbolicznej powinien zostać wypracowany kodeks dobrych praktyk, bo Polska jest także państwem osób, które nie podzielają danej wiary (...) Nie może być tak, że biskup ma prawo weta wobec pensum godzin religii w szkole. Biskup ani minister nie powinni mieć nic do tego. O tym, ile jest lekcji religii w szkole, powinna decydować szkoła. To 15-latkowie powinni decydować o tym, czy będą chcieli brać udział w lekcjach religii - powiedział Szymon Hołownia podczas jednej z debat 20 września 2023 roku.