Urodziła się 27 kwietnia 1971 roku we Wrocławiu, ale wychowała w Toruniu. Aktorstwem zainteresowała się bardzo wcześnie, bo już w szkole podstawowej.
Ukończyła studia na PWST w Warszawie. Już jako studentka grała w spektaklach Teatru Telewizja.
Również w tym czasie miał miejsce jej sceniczny debiut - w 1994 roku w Teatrze Dramatycznym wcieliła się w postać Aldonzy-Dulcynei w spektaklu muzycznym Jerzego Gruzy "Człowiek z La Manchy". W tym samym teatrze po studiach dostała angaż i od tamtej pory gra u najwybitniejszych polskich reżyserów teatralnych, min. u Krzysztofa Warlikowskiego i Grzegorza Jarzyny. Dziś ma na koncie także wiele ról filmowych. W 1999 roku dostała nagrodę dla absolwentki, która pięć lat po ukończeniu studiów osiągnęła największe wyniki w zawodzie.
W 1997 roku zagrała dociekliwą dziennikarkę w komedii "Kiler". Rola przebojowej rudej redaktorki przyniosła jej uznanie krytyków i widzów - po latach przyznano jej nagrodę za najlepszy debiut aktorski 10-lecia.
W "Kiler-ów 2-óch" wcieliła się ponownie w rolę Ewy Szańskiej - narzeczonej "Kilera".
Jednak największa popularność przyniosła jej rola w serialu "M jak miłość". Na zdjęciu u boku Teresy Lipowskiej.
W 2001 roku zagrała żonę głównego bohatera Mańka (Grzegorz Borek) w filmie "Wtorek".
Gościnny występ w serialu "Niania". Kożuchowska w nowej czarnowłosej odsłonie.
Nowa fryzura do roli w serialu "Teraz, albo nigdy".
Małgorzata Kożuchowska i Bartek Wróblewski chcieli, żeby dzień ich ślubu był wyjątkowy. Para nie żałowała pieniędzy na przygotowania do tej uroczystości. Aktorka wystąpiła w sukni projektu Gosi Baczyńskiej wartej 16 tysięcy złotych.
W serialu "Nowa" wcieliła się w rolę bardzo poważnej pani inspektor.
Podczas gali "Telekamery 2011" aktorka wystąpiła w bardzo krótkiej i odważnej sukience projektu Gosi Baczyńskiej.
Kożuchowska w seksownej mini na pokazie jesiennej ramówki stacji TVP. Ta sukienka zrobiła furorę!
Widzowie kojarzą Małgorzatę Kożuchowską przede wszystkim z rolą Hanki Mostowiak z serialu "M jak miłość". Nic dziwnego. Aktorka wcielała się w postać przez 11 lat. Ostatnio jednak zdecydowała się odejść z produkcji TVP.
Od niedawna gra u boku Tomasza Karolaka w serialu "Rodzinka.pl", który opowiada o perypetiach rodziny Boskich.