W pierwszym starcie w nowym sezonie Justyna Kowalczyk zajęła pierwsze miejsce w sprincie stylem klasycznym. 12 listopada wygrała kolejny bieg, tym razem na 5 kilometrów stylem klasycznym. Pierwsze zawody w sezonie odbyły się w ramach Pucharu Międzynarodowej Federacji Narciarskiej.
26 listopada 2016 roku w Kuusamo rozpoczęły się zawody Pucharu Świata. Justyna Kowalczyk w kwalifikacjach do pierwszych zawodów – sprint stylem klasycznym, zajęła 5. miejsce, co dało jej kwalifikacje do ćwierćfinałów. Po biegach ćwierćfinałowych nie zakwalifikowała się do półfinału i ostatecznie zajęła 16. miejsce. 27 listopada Polka zajęła 9. miejsce w biegu na 10 kilometrów stylem klasycznym. 2 grudnia, tym razem w Lillehammer, odbyły się zawody w sprincie stylem klasycznym. Justyna Kowalczyk zakwalifikowała się do ćwierćfinałów. W biegu ćwierćfinałowym zajęła 3. miejsce, Polka nie pobiegła w biegu półfinałowym zajmując ostatecznie 16. miejsce. Dzień później odbył się drugi etap zawodów – bieg na 5 kilometrów stylem dowolnym. Justyna Kowalczyk zajęła 53. miejsce.
Już przed rozpoczęciem zawodów Pucharu Świata Justyna Kowalczyk ogłosiła, że nie wystąpi w większości biegów w sezonie 2016/2017. Zaznaczyła, że musi skupić się na przygotowaniu na mistrzostwa świata w Lahti, w których weźmie udział. Biegaczka zapowiada dwumiesięczną przerwę i zamierza wrócić na zawody dopiero na początku lutego, kiedy w PyeongChang odbędą się próby przedolimpijskie. Kowalczyk nie zniknęła jednak całkowicie z tras biegowych, wystartowała w Pucharze Kontynentalnym w Valdidentro, co miało być przygotowaniem i sprawdzeniem formy przed mistrzostwami w Lahti. 17 grudnia zajęła 3. miejsce w biegu na 10 kilometrów techniką klasyczną.
AW