Na początku aktor bagatelizował dziwne zaczerwienienia wokół oczu, ale było coraz gorzej.
Na początku nikt nie wiedział, co dolega aktorowi. Minęły 3 lata, zanim u Yorka zdiagnozowano bardzo rzadką (w Wielkiej Brytanii diagnozuje się 500 - 600 przypadków rocznie) i potencjalnie śmiertelną chorobę - amyloidozę, inaczej skrobiawicę. Spowodowana jest przez nieprawidłowe, pozakomórkowe odkładanie się białek, które są biologicznie nieaktywne. Zlepiają się one ze sobą w różnych częściach ciała, powodując ostatecznie zniszczenie organów. Choroba wyniszcza organizm i często ma tragiczne konsekwencje. U 20% zdiagnozowanych pacjentów, okazuje się, że choroba jest już na tyle zaawansowana, iż jest nieuleczalna.
Aktor coraz bardziej się zmieniał. Najgorsze było to, że bardzo długo nie potrafiono zdiagnozować, co naprawdę mu dolega. Kiedy zbadał się po raz pierwszy u okulisty - zrobił to tylko dzięki przyjacielowi i biologowi - sugerowano, że ma on chorobę Fabry'ego. Diagnoza to okazała się błędna.
Aktor nie chciał pokazywać po sobie jak bardzo cierpi. Próbował zachowywać się normalnie, wiódł aktywne życie. Punktem zwrotnym okazał się moment, kiedy York zgodził się wystąpić podczas rejsu organizowanego przez National Public Radio.
Później aktor zbadał się w Los Angeles, gdzie lekarze orzekli, że cierpi on na szpiczaka mnogiego - raka szpiku (tylko 37 proc. chorych przeżywa pięć lat od diagnozy). Leczenie, które mu zaproponowano nie pomagało. Przełomem był moment, kiedy żona aktora, Pat York, skontaktowała się z Robertem Kyle z Kliniki Mayo, jednym z pionierów w leczeniu rzadkich: szpiczaka i amyloidozy.
Aktor postanowił walczyć z chorobą. Poddał się on autotransplantacji szpiku kostnego. Zabieg polega na pobraniu od pacjenta jego niedojrzałych komórek szpiku. Następnie poddawany jest one chemioterapii, która ma zniszczyć chory szpik, po czym pobrane wcześniej komórki są znowu wszczepiane pacjentowi. Aktor, chociaż nadal ma zaczerwienione oczy, zakrywa to okularami, z którymi się nie rozstaje. Teraz czuje się już lepiej.